Così come altre città della Valle del Simeto, ha origini antiche.
Reperti archeologici, rinvenuti in contrada Ardizzone nel 1954
e risalenti al V-IV secolo Ac, attestano la presenza greca nel  territorio mottese. In particolare, il. ritrovamento di alcune  tombe, probabilmente facenti parte di una Necropoli greca del
V secolo Ac, lasciano supporre l'esistenza di un nucleo abitativo  della stessa epoca.
Il periodo romano è testimoniato dal ritrovamento di monete e da un mosaico rinvenuto in contrada Acquarone, appartenente ad una villa.
Sull'origine del nome Motta Sant'Anastasia esistono diverse ipotesi. Secondo alcuni studiosi Motta (nome preromano) e Anastasia (nome greco-bizantino) hanno significati simili ed indicano la natura del luogo, il tipico rilievo del territorio che da secoli caratterizza il colle roccioso ed i dintorni di Motta Sant'Anastasia. Successivamente, nei secoli XIII-XIV, i due nomi furono accostati ed i cittadini si associarono nella devozione e nel culto di Santa Anastasia, patrona della Città.
Motta Sant'Anastasia, fin dal periodo di Dionisio, tiranno di Siracusa, ricopri un ruolo di notevole importanza come roccaforte d'avvistamento e di difesa.
Tale ruolo crebbe durante il periodo normanno con Ruggero DAltavilla che vi fece costruire la torre per presidiare l'imbocco della piana di Catania e proteggere così i possedimenti normanni minacciati dalle continue incursioni saracene. Le caratteristiche delterritorio, i resti delle strutture di difesa e quelle abitative evidenziano la tipicità medievale della cittadina. "La Motta", infatti, consisteva in un luogo sopraelevato da dove era possibile controllare l'intero territorio circostante. In Inghilterra, intorno al 1066, sulla "Motta" dei luoghi di conquista, i normanni costruivano una torre di legno per difendere i territori occupati.
In Sicilia, per la mancanza di foreste, i normanni dovettero edificare le loro torri con pietra basaltica. A Motta tale costruzione fu facilitata dalla conformazione morfologica del luogo, che ben si prestava all'edificazione dell'avamposto difensivo.
Il primo insediamento fuori delle mura normanne fu il quartiere Urnazza che, intorno al 1500, sorse nei pressi dell'attuale chiesa di S. Antonio, allora luogo di sepoltura dei quartieri Urnazza e Matrice.
Nel 1526 Motta SantAnastasia diventò feudo di Antonio Moncada, conte di Adernò, e per quattro secoli, fino al 1900, il castello fu destinato essenzialmente a prigione.
Nella seconda metà del 1600 vi erano a Motta 560 abitanti. Tra la seconda metà del 1700 e il 1800 cominciò meglio a delinearsi lastruttura del paese, con la nascita di nuovi quartieri, come quelli di Croce, Pozzo, Sciddichenti. Nel 1798 gli abitanti di Motta divennero 1400 e nel censimento del 1831 arrivarono a 2181.
  Il primo gennaio del 1820 il tribunale di Catania istituì il comune di Motta S. Anastasia.